В процессе установки можно есть возможность автоматического распределения дискового пространства,
Разбивка по разделам в автоматическом режиме предусматривает самую общую разбивку для сервера.
Если у вас задача подразумевает много пользователей или какую-то другую специфику то вот Вам и рекомендации по разбивке.

Рекомендуется заводить в разных разделах(слайсах, по-нашему, походу учим терминологию) следующие каталоги
"/" -root каталог. 100Мб должно хватить (при этом, если предполагаете активно работать в папке /root выделите немного более ;)
"/boot" - должен полностью располагаться до 1024 цилиндра. 512Мб
"swap" - двойного размера ОЗУ вполне хватит. если больше 512Мб ОЗУ то можно и меньше НО ЛУЧШЕ НЕ ЭКОНОМИТЬ. Должен быть даже если оперативной памяти очень ОЧЕНЬ много. Ставить в начале диска для того ,чтобы своп не замедлял работу
"/usr" - по размерам один из самых больших, больше него только home (кроме особых случаев, для серваков как правило не свойственных). отдаем максимально возможный объем.
"/usr/local" - тут все что не является системным WWW, DataBases.
Желательно в отдельном разделе держать "/var" - тут у нас лог файлы, spool почтового сервер, очередь печати... 1-2Гб должно хватить с головой но если у вас логи должны храниться вечно, то потрудитесь их перекладывать куда-нибудь в другое место. Архивы в /var не складывают ;)
"/tmp" - очищается при каждой загрузке. 1Гб хватит
"/home" - если предполагается много пользователей со своими данными (обычно для этого выделяют отдельные диски, raid но если этого не случилось...) то надо рассчитать: либо ограничив доступное одному пользователю место или отдаем этому разделу все что есть. При этом считаем и отбираем лишнее место там, где оно не понадобится.

"/" -root каталог, "/boot", "/usr/local" можно расположить на одном небольшом диске (можно достаточно старый но исправный). Запись в эти каталоги производится крайне редко (у настроенной машины) основная нагрузка по записи в каталоги /var и /tmp, /home.

Рекомендуется все лог файлы направлять в /var. НО ни в коем случае не думайте вставить никому не нужный лом цветных металлов в сервак если хотите что-бы он долго и надежно работал!!!

PS Если вы опытный Фришник, то все вышесказаное для Вас - просто нубство, потому как опытному уже давно точно известно сколько места на какую папку надо выделить, где что лежит. Если-же Вы только приступили к изучению этой непростой системы, то нелишне будет прочитать handbook для FreeBSD - это книга книг, все остальные книги написаны теми, кто прочитал сначала handbook!