Чтобы не начинать войну систем процитирую (по памяти) подпись одного чела "Лучше установить FreeBSD, чем потратить 30 лет на Linux'ы и выяснить какой из них хуже."

Разумеется мы так или иначе ограничены с выбором системы -
1) на этапе изучения нужен учитель/сенсей/гуру. И если его нету то все равно какую систему изучать - начинаем FreeBSD (просто удобно). Если гуру нашелся то естественно изучаем систему на которую он "подсел".
2) мы приходим работать не на пустое место и тогда выбор системы ограничен тем что уже установлено. При обслуживании, по большому счету не имеет значения какой NIX знаешь - настройка служб единообразна (как правило) для всех систем, немного отличается только расположение конфигов
3) в конце концов надо просто понять что легче идет в изучении и копать в ту сторону.

У меня например, дето в 2004 году была ситуация, надо срочно заказчику организовать шлюз и пересылку почты на NIX-серваке (не важно какой но побыстрее). Поставил линукс RedHat быстренько все настроил и оно ЗАРАБОТАЛО! Это был мой Первый установленный линукс! Установил его без подготовки практически, до этого был чисто виндовым админом.